除了耳聋，他还时常感到头晕目眩，手足发麻，严重时甚至无法握笔处理公文。
一时间，军中流言四起，甚至有人胆大包天，趁夜在他衙署门前张贴匿名帖：「军门哑，总督聋，虽有苦情，谁陈九重？」
身心遭受如此重创，孙传庭终于忍无可忍。
于是上书皇帝，以「双耳失聪，手足麻痹，不堪驱策」为由，恳请辞去职务，回家养病，并推荐了自己的同年好友杨文岳接任保定总督。
然而，这封辞呈递到朱由检面前后，只得到了两个冷冰冰的大字：
不许！
在皇帝看来，自己肩负两京十三省的重担尚且没有叫苦，你孙传庭身为臣子，区区耳聋算什幺苦衷？
更何况，你刚刚才上书把朕和中枢重臣痛批了一番，现在就想一走了之？
简直是痴心妄想！
孙传庭无奈，只得再次上书，以家中老母年迈需要奉养为由，恳求皇帝放他归乡。
可无论他如何哀求，朱由检就是不信，还固执地认为他是在装病，是在以此要挟朝廷。
此时，杨嗣昌落井下石，上书弹劾孙传庭「谎称疾病，并非真聋」。
于是崇祯便顺水推舟，下令革去孙传庭所有职务，并派出御史杨一俊探查病情真伪。
杨一俊倒是个正直之人，经过仔细查访验证，如实上奏，证明孙传庭确实病情严重，并非推诿。
可朱由检此时已经对孙传庭心生恶感，根本不信。
他是铁了心要整治这个屡屡「犯颜直谏、装病诈伪」的臣子。
恰在此时，保定府学教谕尹三聘的一份奏疏，为皇帝提供了绝佳的借口。
尹三聘状告孙传庭「纵兵扰民，滥杀无辜」。
当初孙传庭率秦兵入卫京师，路过晋州时，曾派周泰、许汉二人前去采购草料。
不料此二人却被当地豪强徐映狐、贾思公等人杀害。
孙传庭派人查问时，他麾下的保定兵左襄等又遭对方毒手，连标兵守备也被刺伤。
孙传庭闻讯大怒，下令将凶徒一并擒拿，查明情由后，依军法处斩。
而这些人，恰好都是尹家家奴，尹三聘因此怀恨在心，遂藉机诬告。
朱由检正愁找不到借口，当即大喜过望。
于是他不顾尹家「以民杀兵」的事实，下令锦衣卫缇骑出动，将孙传庭锁拿进京，并打入诏狱。
不仅如此，就连据实回奏的御