掌握一个案件的所有流程，便必然会产生大量冤假错案，于是将传统三法司改制，其主要针对的是刑部。
在大明传统三法司中，以刑部最为权重，负责所有案件的从头到尾，而大理寺和都察院只作为重大死刑案件的监理和平反。
但事实上，在古代唐宋时期以及更靠前的秦汉时期，大理寺才是最高审判机关，此次改制，李显穆将所有案件审判，全部重新移交给大理寺，成为最高司法衙门。
此举明显是为了削减刑部职能，加强大理寺职能。
而后再次将刑部一分为二，一部分保留在刑部之中，追查罪犯，审理案件真伪。
另外一半则为督刑司，在刑部官员查明案件后，督刑司清查案宗以及过程，确认其中没有冤假错案，而后上报大理寺审判，确定刑罚。
督刑司是刑部和大理寺之间的沟通渠道，同时督查刑部和大理寺，如果督刑司认为大理寺判决不对，也可以提出覆核，如果大理寺再次坚持，那就提报专门负责三法司的内阁大学士处理。
至此，司法、监察部门已然全部被分拆。
至此，工部、刑部、礼部这三部已然彻底成为清水衙门，且权责大大缩小，都察院也彻底不再为所有人所忌惮。
吏部不改动，兵部和五军都督府本就相互制衡，也不必再大动，只是将其各种附属部门诸如兵器制造审核等从兵部中独立出来。
使兵部成为一个完全的武官吏部。
真正为人所重视的是户部，和吏部分别称为天地二官。
李显穆对户部的肢解也最为彻底。
在过去，户部尚书被视为朝廷财政大管家，李显穆如今要对这个传统制度说不。
户部日后只负责大明户籍制度，以及户籍制度和土地制度的匹配情况，掌握土地人口，但具体的赋税便不由他们负责，而是另外成立大明税务总局，专司各种税收。
如此一来，户部会尽量真实地记录各地户籍和人口情况，因为收税重担不在他们头上。
而大明税务总司则要根据户部所上交的户籍人口状况，尽量真实地去收税。
若是有不妥之处，他们便会要求核查户部提供的情况是否正确，二者之间便有竞争状况，以免一方弄虚作假。
其后，将户部中对于货币制造以及管控的所有权责全部分离出，再综合先前所成立的大明官方钱庄，建立大明中央钱庄，这是大明央行，负责制定财政政策。
而后便是这一系