始用温和的手段，安抚被张居正整得死去活来的朝廷和地方官员，比如将考成法的考核标准，从完成九成减为八成；对没完成任务的官员，他也再给一年的观察期，再次完不成，才会处罚。
如此种种，使首辅大人宽仁的名声达到了顶点，百官也从张居正的高压下松过气来，俯首称颂还来不及，又怎会给他找麻烦？
没有机会举起大棒，万历想要拿回权力，就太吃力了。公平公道的说，他确实是个早熟的君主，无论是先天的聪明才智，还是后天得到的教育，都要超过他的父亲。所以为了争回自己的权力，他可谓下了很多苦功夫……
为了以高贵的仪表，给臣僚们以深刻的印象，让他们认识到君主的成熟。万历特意向戏剧演员学习了发声，并按照太祖皇帝制定的礼仪，要求自己的行为举止。他的坐姿端庄威严，动作优雅沉稳，神情泰然自若，声音发自丹田，深沉有力，并有余音袅袅……果然令不少大臣称颂他是少年英主。
为了能加重权威，他每天都要亲自批阅奏章。奏章大体分为两种，一种是各部院以本衙门的名义，呈送的‘题本’，上面的内容大都属于例行公事，很少会引起争执。另一种则是京官以个人名义，呈送的称为‘奏本’。上面呈奏的事项，十有八九是本职之外的。比如夺情事件中，上疏的吴中行和赵永贤是翰林官，艾穆和沈思孝乃刑部司法官员，邹元标更是通政司的观政，这些人上的就是‘奏本’。因为属于个人的批评或建议，所以事先不必通知自己的上级。
而且按照规矩，如果认为事态紧急，或者奏本会被通政司扣下，呈奏者可以自己送到午门，由管门太监接受，然后直送御前。因此奏本的内容，在皇帝看到，并送内阁票拟之前，百官是无从知悉的。所以引起震动的本章，往往属于这一类。
杨继盛弹劾严嵩十大奸，沈炼弹劾严嵩，海瑞的《治安疏》，乃至吴中行等人的奏疏，无一例外属于这种情况。
虽然皇帝不能直接在奏本上批示，而是要在内阁出票之后，再酌情照票批红，但是万历还是很认真的阅看这类奏本。因为他坚信，偌大一个大明朝，这么多事情这么多人，不可能没有不平之事、不平之人，他要做的，就是把这些不平人、不平事找出来，亮明了。一来可以显示自己火眼如炬、明察秋毫，更重要的是，要给内阁找麻烦！
准确说，是找沈默的麻烦。
皇帝的思路很清晰，他知道沈默经营二十年，党羽门徒遍布两京十三省，有道是林子大什么鸟都有，他就不信这