服从张庆臻的节制，並向锦衣卫举报东林党谋朝篡位。
此事瞬间引发轩然大波，被打压了一年多的阉党成员，藉机攻击东林党“私揽兵权，
意图谋反”。御史也也掺和在其中，把这件政治斗爭放大。
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而东林党则试图掩盖真相，但这一年他们得罪的人太多了，好不容易抓到了东林党这么一个把柄，被东林党迫害的官员联合起来，把事情闹得越来越大，最终导致外朝舆论失控。
崇禎皇帝在十月得知此事后，快刀斩乱麻地进行了处理。
司礼监掌印小太监田佳壁因收受贿赂被杖毙。內阁大学士刘鸿训因私自篡改救书被削职问罪，张庆臻虽然越权行为引起了崇禎帝的警觉，但因其勛贵身份，只是被剥夺了职权，得以继续混吃等死，未遭重惩。
不过这个处理结果却让御史不满，只杖毙了一个小太监，什么大老虎都没抓住。
御史李觉斯认为朝廷的詔书由多部门审核，单凭司礼监一个小太监不可能完成此事，
要继续深挖，但崇禎强硬拒绝，压下了此事。
但崇禎內心对东林党的不满开始急剧上升。尤其是在6月份，袁崇焕杀了毛文龙，从针对东林党也开始怀疑了，东林党好像不是他想像当中的那样贤明。
东林党人为了挽回天子心中的好感，自然要不断的甩锅了，而最好的背锅对象自然是兵部尚书王在晋了。
刚当上兵部尚书的王在晋，位置刚坐下，就有一口这么大的黑锅扣下，他当然要想办法甩锅甩到內阁当中了，认为是內阁下的詔书出了问题。
內阁自然不可能承认了，认为是兵部管理失控，双方就这样不断甩锅了好几个月。
最终还是王在晋失去天子信任，崇禎有了罢免他的想法，只是一时还没找到合適的人选接任。紫禁城向来没有秘密，崇禎皇帝的心意很快就传到了下面，於是兵部的官员们都开始疏远王在晋，生怕被他牵连，
好在王在晋歷经宦海沉浮，对此看得很开。即便是知道自己可能会告老还乡，他也要站好最后一班岗。他拿起案台上的几份报捷文书，脸上还是露出了一丝欣慰的笑容，说道：“山西贼寇平定，我大明又少一处烽火了。”
他是崇禎元年被崇禎启用的，先任命为刑部尚书，后改为兵部尚书。在他担任兵部尚书的这一年里，福建巡抚熊文灿招抚了海盗郑芝龙，