外御部，负责宗门外资产统计事宜。
内资部，负责宗门内资产统计事务。查审部，负责宗门一切资产的审查工作。
以上是三殿下属五部的主要职责。
戒密院下属六科分别是：密保科，情报科，稽查科，警备科，戒律科，禁秘科。
密保科，负责宗门密保工作，主要是对宗门内部弟子的调查。
情报科，负责宗门情报工作，主要是对魔宗及修行世家的策反渗透。
稽查科，负责宗门对外稽查工作，主要是对宗门弟子的遇害失踪，还有一些非法组织的调查。
警备科，负责宗门的警备工作，主要是对宗门各处禁制的看守。
戒律科，负责宗门法规的执行，及对违反宗门规章弟子的审判。
禁秘科，负责宗门禁法秘术的研究。
内务院下属六科分别是：丹药科，器法科，符箓科，阵旗科，药草科，内勤科。
丹药科，负责炼制丹药，传授教导炼丹之法。
器法科，负责炼制器法，传授教导炼器之法。
符箓科，负责制造符箓，传授教导制符之法。
阵旗科，负责制造阵旗，传授教导制阵之法。
药草科，负责宗门灵药的培植管理。
内勤科，负责宗门弟子的内勤事务，主要是弟子命魂石的看管。
外务院下属六科分别是：护山科，外联科，经贸科，灵牧科，教务科，通讯科。
护山科负责宗门内部巡视安全，主要是对宗门弟子内外出入登记及宗门大阵的管理。
外联科，负责宗门外部联络事宜，主要是各地主事对辖下修行世家资源的征缴。
经贸科，负责宗门对外的经贸事宜，主要是对商会直接交接的资源贸易。
灵牧科，负责宗门灵兽的培育与养殖。
教务科，负责宗门未蛻凡弟子的修行指导。
通讯科，负责宗门内外的信息通传。
以上是三院下属六科的主要职责。
除此之外，还有戒密院直属司，内务院直属司，外务院直属司，掌门直隶部。
各直属司只听命于各院院主，他们没有具体职责，不受三殿命令，属于三院院主的护卫队。
掌门直隶也是一般，独立于三殿三院之外，只听从掌教之令。
此时整个宗门除掌门直隶外，三十六个部科执事皆垂手矗立下方。
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